GENETYX-MAC に関する FAQ

GENETYX-MAC (Ver.16) の配列データベースで利用できます。

EMBL、GenBank、DDBJ、CODATA、UniProt、FASTA 形式のデータであれば GENETYX-MAC (Ver.16) の配列データベースで利用できます。

GENETYX-MAC (Ver.16) のデータベースインポート機能で変換して利用できます。

GENETYX-MAC (Ver.16) ゲノムマップ機能でできます。

GENETYX-MAC Ver.15

一部解析表示に不具合が発生することを確認しています。 Ver.15.0.4 で Mac OS X 10.6 に対応します。

GENETYX-MAC Ver.14 およびそれ以前

Mac OS X 10.6 には対応していません。

GENETYX-MAC Ver.14

フォントの変更が出来ない問題がありましたが、Ver.14.0.6 で対応しました。 Ver.14 は Mac OS X 10.4 及び 10.5 に対応しています。

GENETYX-MAC Ver.13

フォントの変更が出来ない問題がありましたが、Ver.13.1.6 で対応しました。 一通り動作しますが、Ver.13 はすでに開発を終了しているため、動作の保証はありません。 PowerPC 専用の Ver.13.0.x をお使いの場合は Ver.13.1.6 にアップデートして下さい。 Ver.13.1.6 は Universal Binary ですので PowerPC でも使用出来ます。

GENETYX-MAC Ver.12

一通り動作しますが、Ver.12 はすでに開発・サポートを終了しているため、動作の保証はありません。

GENETYX-MAC Ver.11

動作確認の予定なし。

2005年 5月での状況

GENETYX-MAC Ver.13

GENETYX-MAC ネットワーク版 Ver.13

GENETYX-SV/RC Ver.13 (Macintosh)

配列ファイルを開いた時に配列エディタの背景がグレーになります。一度クリックすれば戻ります。13.0.4 にアップデートすればこの問題は解決します。

GENETYX-MAC Ver.12

GENETYX-MAC ネットワーク版 Ver.12

GENETYX-SV/RC Ver.12 (Macintosh)

配列エディタを配列エディタフォーマットで印刷すると画面が乱れます。エディタの内容が変更されることはありません。対応が可能かどうかは調査中です。

GENETYX-MAC Ver.11

現在のところ不具合は見つかっていません。

ATGC Ver.4.2

現在のところ不具合は見つかっていません。

Mac OS X ver.10.3 Panther 上でホームディレクトリの保護機能である File Vault をオンにしている場合、一部の機能で結果が表示されない、配列ファイルの読み込みが異常に遅くなる不具合が確認されています。

解析結果が表示されない原因は File Vault がオンになると File Vault は暗号化されたディスクイメージを作成し、ホームディレクトリをそのディスクイメージ上にコピーして、それをホームディレクトリとして処理します。
このために GENETYX-MAC が使用するファイル情報が本来あるべきボリューム上に存在せず、ディスクイメージ上のものを指すため、ファイル情報の不整合を起こします。

配列ファイルの読み込みの異常な低下は、GENETYX-MAC は配列フォーマットの解析を行うために行単位でファイルを読み込みます。
この処理はファイルマネージャの API の new line mode を使いますが、この API を使うと、一行読む毎にファイル全体をデコードしているらしく、そのために読み込みに異常な時間がかかります。

Ver.12 では Ver.12.2.0 から File Vault に対応していますので、それぞれアップデートして下さい。

Mac OS X Carbon 対応版についてお知らせします。

GENETYX-MAC

GENETYX-MAC/ATSQ

GENETYX-SV/R 及び GENETYX-SV/ATSQ

GENETYX-MAC/DB Ver.44.0

Classic Box 上で動作します。Carbon 版開発の予定はありません。

GENETYX-MAC/DB は Ver.44.0 を最後に GENETYX-PDB にリプレイスされます。

GENETYX-PDB

GENETYX-PDB は Mac OS X Ver.10.1 以上で動作します。

GENETYX-MAC シリーズの Mac OS 9 (日本語版) 上での動作状況についてお知らせいたします。

シリアル番号を全角で入力しているとプログラムは起動しません。再度インストールを行い、シリアル番号を半角で入力してください。

Macintosh OS の仕様でアイコンが正常に表示されない場合があります。
そのままアプリケーションを利用しても問題はありません。
Macintosh を再起動しデスクトップの再構築を行うとアイコンが正常に表示されます。
デスクトップの再構築方法は、キーボードの Option キーと Command キーを押しながら Macintosh の起動を行います。
詳細については Macintosh OS のマニュアルをご参照ください。

インストールが正しく行われていないことが考えられます。
Ver.10 よりエンジンファイルの一部がフロッピーディスクの 3 枚目にも含まれています。
3 枚目のフロッピーディスクから解凍された中の「←into GENETYXEngine Folder」というフォルダーの中のファイルを、2 枚目のフロッピーディスクから解凍された「GENETYXEngine Folder」の中に移動して下さい。
注意する点は、フォルダーごとではなく必ず中のファイルを移動して下さい。

PrivateDB または HomoEmail のエンジンが無い状態で起動するとこのメッセージが表示されます。
PrivateDB, HomoEmail を GENETYX-MAC と同じフォルダーに入れて使用する場合は、GENETYX-MAC のエンジンフォルダー (GENETYXEngine Folder) の中に、PrivateDB 用エンジン PBDHomoEngine, HomoEmail 用エンジン SMTPEngine をコピーしてご利用ください。

Netscape Navigator 上で配列データが表示されている状態から、File メニューの Save as... を選択します。
その際に、ダイアログが表示されますので、Format: のプルダウンメニューを Text に選択して保存してください。

Netscape Navigator 上の配列データを表示している Entrez DOCUMENT REPORTS 画面内の Save As... ボタンを押します。
Netscape Navigator 上の画面が Entrez SAVING REPORTS に変わるのでその画面内の MIME GenBank ボタンを押します。
保存したファイルは GENETYX-MAC でそのまま利用できます。
ただし、改行コードが UNIX 用に記述されていますので、GENETYX-MAC の Open Sequence で開き、Save as を行うと改行コードが Macintosh 用に自動変換されます。
また、Entrez SAVING REPORTS 画面内の MacSave ボタンで保存すると、改行コードは Macintosh 用ですが、ファイルの先頭に "Entrez ----- " という余分な文字列が追加されてしまいます。
MacSaveボタンで保存した場合は、Simple Text などのワープロソフトウェアで、ファイルの先頭から LOCUS と記述された文字の前までの文字列を削除すると GENETYX-MAC で利用可能になります。
GenBank フォーマットはファイルの先頭が LOCUS と記述されていなければなりません)
Ver.10.1 からは余分な文字列をスキップして (最大 10 行まで)、わざわざ文字列を削除する手間なしに直接読み込みが可能になりました。

配列データが大きすぎて読み込めない場合があります。
GENETYX-MAC のアプリケーションを終了し、操作説明書「8-17 アプリケーションサイズの変更」にしたがって GENETYX-MAC 10.x のアプリケーションサイズを増やしてください。

GENETYX-MAC を実行中に "GENETYX Engine Error" で "-108" のエラーメッセージが表示されることがあります。
これは、作業を続けるためのメモリが足りないという警告です。
GENETYX-MAC 以外に起動しているプログラムがあれば終了させてください。
また、GENETYX-MAC 以外に起動しているプログラムの影響ではない場合、GENETYX-MAC のアプリケーションを終了し、操作説明書「8-17 アプリケーションサイズの変更」にしたがって「GENETYXEngine Folder」中にある解析本体プログラムのアプリケーションサイズを増やしてください。

配列編集画面の核酸／アミノ酸切り替えボタンが N に設定されている場合、Peptide メニューの解析コマンドは選択できません。
また、P に設定されている場合、Nucleotide メニューの解析コマンドは選択できません。
核酸配列か、アミノ酸配列かを正しく設定してください。

Nucleotide メニューの Select Restriction Enzyme... コマンドで、表示する制限酵素が選択されていないと、制限酵素認識部位の表示は行われません。
操作説明書「3-7 制限酵素の解析」にしたがって、制限酵素を選択してください。

選択したフォルダの中にフォルダが入っていると、そのフォルダ中の配列ファイルも選択されます。
フォルダを選択し Add ボタンで配列を追加する場合は、読み込む配列を一つのフォルダにまとめておいてください。

フォルダ内のテキストファイルはすべて配列ファイルとして認識されます。
したがって、フォルダを選択して Add ボタンによってフォルダ中の配列ファイルを選択すると、すべてのテキストファイルが選択されるようになっています。
選択したフォルダ中に配列ファイル以外のテキストファイルがある時にはそのテキストファイルも自動的に選択されますので、不要のテキストファイルは Remove ボタンで削除して下さい。

選択リストの中に同じ名前のファイルがあると、解析時にエラーを起こします。同じ名前のファイルを読み込んでいないか確認してください。

マルチアライメントでは GAP を考慮したアライメントを実行させるためにスコアの高いパスを通るアルゴリズムを採用していますが、この方法には長さが極度に違う配列同士ではアライメントの精度が落ちるという欠点があります。
というのは実際のアライメント処理では配列の先頭から最後の方に向かってスコアを蓄積していき、今度は逆に配列の最後の方から先頭に向かって、より高いスコアを辿るようになっているからです。
極度に長さが違っていても長い方の配列の後方にホモロジーがあるような場合は問題はありませんが、前方にあるような場合は後方でスコアの高い部分で固定されてアライメントが終わってしまいます。
具体的にこの過程を見ていきますと、

1. GAP Penalty を 0 にした場合、すなわち GAP が入り易い場合は、スコアの高いアミノ酸の組み合わせで固定されてしまい、下記のように本来一致する前にアライメントが終わってしまいます。

   A

   B

   C

   D

   E

   F

   G

   X

   X

   X

   X

   X

   A

   X

   X

   B

   X

   X

   C

   X

   X

   D

   X

   X

   X

   E

   X

   X

   X

   F

   X

   X

   X

   X

   G

   A

   -

   -

   B

   -

   -

   C

   -

   -

   D

   -

   -

   -

   E

   -

   -

   -

   F

   -

   -

   -

   -

   G

   上の例では、わかり易いように完全に一致しているところで固定してありますが実際は各アミノ酸同士の組み合わせでスコアが高い部分があればそこで固定されます。
   
   
2. GAP Penalty を大きくした場合、すなわち GAP が入りにくい場合は前方の離れた部分に一致すべき部分があったとしてもそこに一致させるためには GAP を大量に挿入しなければならず、GAP Penalty による減点の方が不一致の減点よりも大きくなります。この場合、後方のスコアの高い部分で固定されます。
   
   以上のような理由で、長さが極度に異なる場合に現状のアルゴリズムではアライメントの精度が落ちてしまいます。
   この状況を改善するにはアルゴリズムの改良が必要になります。
   
   
3. Ver.10.1 からはローカルマッチモードが追加されています。完全ではありませんが、ローカルマッチモードを利用することにより長さが極度に異なる配列が混在していても高い精度で整列できる場合があります。お試し下さい。

読み込んだ配列の中に IUPAC に含まれない文字が入力されている場合、"1001" のエラーメッセージが表示されることがあります。
IUPAC に含まれない文字が配列中に含まれていないか確認してください。

設定したスコアはスコアファイル選択時にシステムフォルダ内の初期設定フォルダの GENETYX Pref Folder 内にコピーされ、解析実行時にそのコピーされたファイルを読み込み解析を行うようになっています。
従ってスコアを変更した場合は、スコアファイル名が同じ名前のままでも、マルチアライメント条件設定ダイアログにおいてスコアファイルの再設定を行う必要があります。

類縁性が極度に低い配列が含まれていると、置換数の推定値の計算が不当になったり座標が有効値を超えるためにマイナスの座標になったりします。
特に進化距離の計算には対数函数を使用しますので、類縁性が低いと虚数解となって、エラーになります。
このような場合、系統樹が表示されないか正しく表示されないことがあります。
類縁性が極度に低い配列は系統樹には使えません。
特に核酸の場合は顕著です。

添付されているモチーフファイルの中に長いパターンのモチーフ (TONB_DEPENDENT_REC_1) があり、それを検索するのに時間がかっかてしまうためです。数分お待ち下さい。

当社では LaserWriterIIf (ポストスクリプト L2 プリンタ) と DeskWriter (QuickDraw プリンタ) でテストし、Courier でズレがないことを確認し、これまで Courier での印字を推奨しておりましたが、一部のプリンタでは Courier でも印字のズレが発生することがわかりました。
また、Courier 以外の等幅 TrueType フォントでもサイズによってはズレを生じることがあります。
この現象は GENETYX-MAC のテキストエディタ以外にも、Apple の SimpleText を始めとするすべてのテキストエディタ, NisusWriter, MSWord などのワープロソフトでも発生することを確認しました。

原因としては等幅 TrueType フォントが文字によっては印刷時正確に等幅になっていないということが考えられます。
TrueType フォントのようなアウトラインフォントは文字幅を固定小数点で持っていますが、画面上では整数座標系なので文字が揃いますが、プリンタ上では固定小数点で展開されますから文字幅が揃っていないと文字にズレが生じます。
TrueType はスプライン関数によって展開されますので、この展開時の計算に誤差が生じ、文字幅が揃わなくなったというのが原因ではないかと思われます。
このことは File メニューの Preference の Print コマンドで Use Fixed-PointFont Sizes を OFF、すなわち文字幅を整数値にセットしてもまったく改善されず、かえってズレが大きくなることから、TrueType の展開時の計算誤差ということがますます考えられます。

回避策としては次のようなものがあります。

1. プリンタによって違いがありますので一概に言えませんが、一応当社で問題が出なかったものは Osaka 等幅、リュウミンライト－KL－等幅、中ゴシックBBB－等幅の各 12、10pt の場合です。
   また 9pt の場合は 87% の縮小設定でズレなく印字できました。
   これは File メニューの Preference の Print コマンドで Use Fiexed-Point Font Sizes を ON にした場合です。プリンタによっては OFF にした方が良い場合もあります。
   
   
2. 一部のワープロソフトは文字単位で文字座標を決めて描画します。
   このような処理をしているワープロソフトは編集速度は落ちますが、印刷時に文字のズレは起こり得ません。
   当社で問題が出なかったワープロソフトはマックライト II と EGWord です。
   
   

※ 上記の各ソフト、各フォントはそれぞれの会社の登録商標です

結果表示 (テキスト) のデフォルトフォントを任意に設定できる機能で、何も設定していない状態ではシステムフォント (漢字 Talk では Osaka) に設定されています。
File メニューの Preference の Analyze コマンドを選択すると、解析結果の設定を行うダイアログボックスが表示されます。
このダイアログボックスの Default Text Font を Monaco や Courier などの等幅フォントに設定してください。
一度設定すれば、以降は設定したフォントで結果が出力されます。

解析結果が大きすぎて表示できない場合があります。
GENETYX-MAC のアプリケーションを終了し、操作説明書「8-17 アプリケーションサイズの変更」にしたがって GENETYX-MAC 10.x のアプリケーションサイズを増やしてください。
解析結果がテキストの場合、GENETYX-MAC Ver.10.x では GENETYXRescue 機能により、サイズが大きなテキストファイルを GENETYXRescue Folder に保存します。

GENETYX-MAC は図やグラフの結果を画面に表示された通りに出力します。
図形が 2 ページにまたがって出力される場合は縮小して印刷するか、一旦ファイルに保存 (図形は PICT 形式で保存されます) し、そのウィンドウを閉じた後、マックドローや Canvas などの図形編集ソフトウェアでファイルを再読み込みし、1 ページに収まるように編集を行ってから印刷してください。

PICT ファイルには画像のドットそのものではなく、何をどのように描画するかという手順が書き込まれています。
したがって、例えばマルチプルアライメントのように描画するオブジェクトが多い場合、大きなメモリが必要になります。
この場合、配列エディタのアプリケーションサイズを変更して下さい。
配列エディタのアプリケーションサイズの変更の方法はマニュアルにあります。

マルチプルアライメントの場合、カラーモードにしているとキャラクタ単位で書き込まれるためキャラクタひとつひとつがオブジェクトになり、さらに各キャラクタ毎に色をつける命令も含まれるため、メモリを多く消費します。
これを回避する方法は配列エディタのアプリケーションサイズを大きくするか、モノクロモードに変更する方法かあります。
並列エディタ上の表示をモノクロモードにしますと、PICT ファイル生成もモノクロになります。モノクロモード時はキャラクタ毎に色をつける必要がないため、一行分のテキストが一つのオブジェクトになるので、カラーモードに比べてメモリを消費しません。

GENETYX-MAC の配列エディタでは配列番号表示行、配列行、(コンプリメンタリ表示行)、(アミノ酸翻訳行)、(制限酵素認識部位表示行) をひとまとめにして一行としています。
この一行分の全情報を表示するにはウインドウが小さすぎる場合、その行は表示されません。
ウインドウを広げるか、配列編集ボタンによる表示行の表示を切って下さい。
制限酵素認識部位表示を行っている場合は、選択している制限酵素の数を減らして下さい。

GENETYX-MAC はエラーが発生するとアラートボックスでエラーメッセージを表示します。
ほとんどのエラーコードは Mac OS のエラーコードですが、一部 GENETYX-MAC 固有のエラーコードもあります。
エラーコードは "Error:XXXX" または "Error:YYYY:XXXX" の形で表示されます。
このうち、YYYY は内部で使用するコードでエラーコードではありません。
XXXX の部分がエラーコードです。
アラートボックスにはエラーコードと共にエラーメッセージも表示されますが、意味がわかりにくいので主なエラーコードと簡単な意味を下に記述しました。

Mac OS の主なエラーコード

GENETYX-MAC 固有のエラーコード

GENETYX-MAC シリーズのアップデータはそれぞれ古いバージョンと新しいバージョンの差分データだけを更新するようになっています。
アップデータのサイトに登録されているアップデータは時系列に並んでおり、下の方ほど古く、上の方ほど新しいものになっています。

製品は出荷時点での最新版を出していますので、出荷した時期によってマイナーバージョンが異なります。
現在、お持ちのバージョンよりも新しいバージョンのアップデータをご利用下さい。
現在お持ちのプログラムのバージョンを調べる方法は、該当するプログラムのアイコンを選択して、Finder から「情報を見る」コマンドを実行します。
アプリケーションの情報を表示するウインドウが現れますが、この中から「バージョン」という項目を見て下さい。
ここを見れば、正確なバージョンを知ることができます。

アップデータは古いものから順番にあてて、最新版にして下さい。
古いものほど、何度もアップデートする必要があります。
アップデートしたものはご使用になる前にバックアップを取っておくと、次にアップデートする時にバックアップしたものに対して使うようにすれば、最初の古いものから何度もアップデートする手間が省けます。
アップデータは入力されたシリアル番号をそのまま残しますので、シリアル番号を再度入力する必要はありません。

なお、「ParamSetter」と「～Engine」という名前のプログラムは「GENETYXEngineFolder」の中に入っています。

GENETYX-MAC と GENETYX-MAC/ATSQ の両方でメンテナンスされます。それぞれのアップデートファイルをダウンロードしてください。

アップデータは Mac OS X 10.3 の機能を使って圧縮されています。
Finder のファイルメニューの「アーカイブを作成」で ZIP ファイルの圧縮を行います。
正常であればダブルクリックすれば解凍されますが、システムのトラブルでダブルクリックしても解凍されない場合もあるようです。
ZIP ファイルの圧縮・解凍は /System/Library/CoreServices/BOMArchiveHelper が行います。
もしうまく解凍できない場合は BOMArchiveHelper を Dock にドラッグして、Dock の BOMArchiveHelper にアップデータの ZIP ファイルをドラッグして解凍して下さい。
また、解凍されたファイルがおかしい場合は StuffItExpander の古いバージョンを使用して解凍した場合にそうなります。
最新の StuffItExpander を使えば正しく解凍されます。
また、BOMArchiveHelper でも解凍出来ます。