cRNA プローブ検索ソフトウェア G-Probe1 は遺伝子発現解析用 cRNA プローブを検索するソフトウェアです。
配列データをインターネット上のデータベースから取得し、その配列データをキーにして BLAST 検索をかけます。
その検索結果から標的遺伝子を特異的に検出できる領域を判定し、その領域内よりプローブとして使用できる条件を満たした配列を抽出します。
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ターゲット遺伝子と他の遺伝子との相同な領域を避けて検索
インターネット上の NCBI RefSeq を用いて BLAST 検索を行いますので、常に最新のデータで解析できます。
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PCR で増幅しやすく、ターゲットにハイブリダイズしやすい条件を考慮
- 1 塩基繰り返し
- 繰り返し配列
- GC 含量
- 自己相補安定性
- RNA 二次構造安定性
- ヘアピン構造安定性
- Tm 値
- T7 配列類似度
- PCR Primer GC 含量, PCR Primer 3' 特異性
等を考慮して条件に適合するプローブ候補を列挙
- すでにお持ちの DNA マイクロアレイなどのプローブを指定し、その近くの領域からプローブを検索できます。
- すでにお持ちの DNA マイクロアレイなどのプローブを指定し、その近くの領域を含まない領域からプローブを検索できます。
- 操作ログの保存、CSV 形式によるデータの保存ができます。
■プローブの利用範囲
- サザンブロットハイブリダイゼーション
- ノーザンブロットハイブリダイゼーション
- In situ ハイブリダイゼーション
■処理の流れ
1. ターゲット遺伝子の検索・指定
ターゲット遺伝子を、下記いずれかで指定
- キーワードによる検索
- アクセション番号の入力
- 配列直接入力
2. ターゲット遺伝子をクエリにして BLAST
ターゲット遺伝子をクエリにして NCBI RefSeq データベースを検索
プローブの条件を定め、他の遺伝子との相同領域を取り除いた領域からプローブ候補を検索開始
3. プローブ候補の一覧表示
検索したプローブ候補を特性値と共に一覧表示
- 自己相補安定性
- RNA 二次構造安定性
- ヘアピン構造安定性
- G 含量
- Tm 値
- PCR Primer GC 含量
一覧の中から、利用するプローブを選択します。
4. プローブの特異性確認
3. で選択したプローブの特異性を塩基配列全体のデータベースで確認できます。
高い相同性をもつ領域が存在したときは、その領域を除いて再検索を行うことができます。
これまでの操作の記録 (ログ) を保存することができます。
また、プローブのデータを CSV 形式で保存することができます。
■G-Probe1 の利用例
本ソフトウェアを利用して作製した cRNA プローブを用いて行った ISH の例
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ターゲット遺伝子の検索・指定
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ターゲット遺伝子をクエリにして BLAST
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プローブ候補の一覧表示
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プローブの特異性確認
■動作環境
| 対応機種 | Microsoft Windows XP/2000 が動作する機種 |
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| OS | Microsoft Windows XP/2000 |
| メモリ | 128MB 以上（推奨 256MB） |
| ハードウェア | CD-ROM ドライブ、ハードディスク、ネットワークインターフェイス |
| HD 容量 | アプリケーションインストール領域として約 10MB |
