核酸・アミノ酸配列入力編集

• ●配列エディタ
  • ・核酸･アミノ酸配列入力編集
  • ・核酸･アミノ酸配列の音声出力
  • ・Feature Table 編集機能
  • ・解析結果のマップ表示
    • ・制限酵素切断部位表示・モチーフ検索
    • ・ORF 検索・GC 含量分布図表示
    • ・PCR プライマー解析・エクソン部位検索
    • ・コドンフレーム別含量分布図作成処理
    • ・Conformational Profile・PolyA signal 候補検索
    • ・Codon 頻度表を使ったコード領域予測
    • ・Fickett 法を使ったコード領域予測
    • ・PolymeraseⅡ Promoter 部位候補検索
    • ・5'3' Splice 部位候補検索・CpG island 候補検索
    • ・タンパク質の親水性･疎水性
    • ・シグナルペプチドの予測・PEST 配列検索
    • ・di-Nucleotide 含量分布図作成処理
    • ・T細胞抗原性部位の予測・ペプチダーゼ処理
• ●複数配列エディタ

核酸配列解析

• ・配列データの組成分析
• ・アミノ酸配列への翻訳
• ・特許出願フォーム出力
• ・GC 含量分布図作成処理
• ・di-Nucleotide 含量分布図作成処理
• ・ダイレクトリピート部位の解析
• ・インバーテッドリピート部位の解析
• ・制限酵素認識部位解析
• ・制限酵素地図作成
• ・Clustal W によるマルチプルアライメント
• ・サイレント変異導入設計支援
• ・ORF の解析
• ・コドンフレーム別含量分布図作成処理
• ・プロモーター部位の解析
• ・PCR プライマー部位の解析
• ・Primer ３
• ・ハイブリダイゼーション機能
• ・tRNA 領域の解析
• ・ヘアピン構造部位の解析
• ・パリンドローム部位の解析
• ・RNA 二次構造予測
• ・siRNA ターゲット部位予測
• ・エクソン部位検索
• ・Codon 頻度表を使ったコード領域予測
• ・Fickett 法を使ったコード領域予測
• ・PolyA signal 候補検索
• ・CpG island 候補検索
• ・PolymeraseⅡ Promoter 部位候補検索
• ・5'3' Splice 部位候補検索

• ●Homology 解析

核酸配列自動結合

• ・自動結合処理

インターネット検索支援

• ●Entrez 検索
• ●BLAST 検索

論文作成支援

• ●プラスミド地図作成 (リニア・サーキュラ)

核酸・アミノ酸配列共通解析

• ・モチーフ検索
• ●ホモロジー解析
• ●マルチプルアライメント
• ●分子進化系統樹
• ・ハープロット
• ・グローバルホモロジー解析

• ●配列エディタ
• ●分子進化系統樹

アミノ酸配列解析

• ・配列データの組成分析
• ・シグナルペプチドの予測
• ・配列組換え機能
• ・タンパク質の等電点予測
• ・核酸配列への逆翻訳
• ・特許出願フォーム出力
• ・Clustal W によるマルチプルアライメント
• ・PEST 配列検索
• ・タンパク質の親水性･疎水性表示
• ・タンパク質の疎水性クラスター解析
• ・エドモンソンホイールプロット
• ・タンパク質のヘリックス構造展開表示
• ・T細胞抗原性部位の予測
• ・アミノ酸配列からの制限酵素の解析
• ・ペプチダーゼ処理
• ・タンパク質の二次構造予測（Chou-Fasman）
• ・Conformational Profile（Chou-Fasman）
• ・タンパク質の二次構造予測（Robson）
• ・核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析

• ●プラスミド地図作成
• ●複数配列エディタ