●核酸・アミノ酸配列入力編集

• 配列エディタ
  • 核酸配列入力編集
  • 核酸配列の音声出力
• コメント入力編集
  • Feature Tableのツリー表示・編集
  • Feature Tableのマップ表示
• 複数配列編集

●核酸配列解析

• 各種解析の一括解析一覧表示
• 配列データ組成分析
• アミノ酸配列への翻訳
• 特許出願フォーム出力
• GC含量分布図作成処理
• di-Nucleotide含量分布図作成処理
• ダイレクトリピート部位の解析
• インバーテッドリピート部位の解析
• 制限酵素の解析
• アミノ酸変異導入設計支援機能
• ORFの解析
• コドンフレーム別含量分布図作成処理
• プロモーター部位の解析
• PCRプライマー部位の解析
• プライマー解析Primer3支援
• ハイブリダイゼーション機能
• tRNA領域の解析
• ヘアピン構造部位の解析
• パリンドローム部位の解析
• 核酸配列二次構造予測
• siRNAターゲット部位予測
• コドン頻度表を使ったコード領域予測
• Fickett法を使ったコード領域予測
• CpG Islandの候補検索
• 5' 3'スプライス部位候補検索
• Polymerase IIプロモーター部位候補検索
• PolyA Signal候補検索

●論文作成支援

• プラスミド地図作成 (リニア・サーキュラ)

●配列データベース

• 配列データベース
  • データベースの作成
  • 配列の登録
  • 配列の削除
  • 検索
  • 個々のエントリを配列エディタで開くことが可能
  • Blastデータベースの生成

●核酸・アミノ酸配列共通解析

• モチーフ検索
• ローカルホモロジー解析
• グローバルホモロジー解析
• マキシマムマッチング
• マルチプルアライメント
  • Muscleを使ったマルチプルアライメント
• 系統樹
• ClustalWを利用してのマルチプルアライメント※
• ハープロット
• ローカルBlast検索機能
  • Blastall (Blastn, Blastx, Blastp, Tblastn)
  • Bl2seq (Blastn, Blastx, Blastp)

●アミノ酸配列解析

• 各種解析の一括解析一覧表示
• 配列データ組成分析
• シグナルペプチドの予測
• 配列組換え機能
• 蛋白質の等電点予測
• 核酸配列への逆翻訳
• 特許出願フォーム出力
• 蛋白質の親水性・疎水性表示
• 蛋白質の疎水性クラスター解析
• エドモンソン・ホイール・プロット法による蛋白質の構造予測
• T細胞抗原性部位の予測
• アミノ酸配列からの制限酵素の解析
• ペプチダーゼ処理
• PEST配列の検索
• 蛋白質二次構造予測 (Chou-Fasman, Robson)
• 核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析

●核酸配列自動結合

• 波形ファイルのサポート
• コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動
• 解析処理
• トリミング処理
• 編集機能

●その他

• NCBI Blast検索支援
• GENETYX-MACアップデート履歴チェック、アップデータの取得

※ClustalWは製品に含まれておりません。別途インターネットで入手する必要があります。

印はVer.15で新規追加・機能アップされた項目です。