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アップデート履歴

■ Version 4.2.14 (2010.02.26)

※ Version 4.2.14 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 長さが 10,000 bp 以上の配列ファイルをインポートすると、塩基配列の末尾に余分な塩基が追加されることがある問題を修正しました。
• [Wave] メニューに [Scale Up Vertically] / [Scale Down Vertically] コマンドを追加しました。波形ウィンドウの波形表示領域を垂直方向に拡大・縮小することができます。

■ Version 4.2.13 (2009.10.09)

※ Version 4.2.13 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• ドキュメントファイルを保存する際、ファイル選択パネルの既定のフォルダが正しくないことがある問題を修正しました。
• シーケンスをインポートする際、ファイル・フォルダ選択パネルの既定のフォルダが以前選択したものと異なることがある問題を修正しました。
• システム環境設定の [言語環境] の設定により、アセンブル処理が正しく行われないことがある問題を修正しました。

■ Version 4.2.12 (2008.02.27)

※ Version 4.2.12 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• Mac OS X Leopard において、シーケンスツリーの配列をドラッグ アンド ドロップしても移動できない問題を修正しました。
• Preferences の [File] タブで [Read wave data] のチェックを外しても波形が読み込まれてしまう問題を修正しました。
• Preferences の [File] タブで [Enable trimming] のチェックを外してもトリミングが実行されてしまう問題を修正しました。
• シーケンスのコンティグへのマッチング処理時に、コンティグに追加されなかった配列が誤って処理され、異常終了することがある問題を修正しました。
• [Find] ダイアログの [Replace All] ボタンの処理において、コンセンサス配列の置換範囲がフラグメント配列の先頭または末尾をまたぐと、アプリケーションが応答しなくなる問題を修正しました。

■ Version 4.2.11 (2007.09.26)

※ Version 4.2.11 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 配列のエクスポート時にコンセンサス配列が相補鎖としてエクスポートされることがある問題を修正しました。
• 配列のエクスポート処理に、同名のファイルが既に存在する場合の処理方法を選択する機能を追加しました。
• パス名にスペースを含むフォルダにインストールするとヘルプが表示されない問題を修正しました。

■ Version 4.2.10 (2007.08.24)

※ Version 4.2.10 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• Preferences ウィンドウが表示されなくなることがある問題を修正しました。

■ Version 4.2.9 (2006.06.08)

※ Version 4.2.9 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• マルチプロセッサシステム上で、シーケンスのコンティグへのマッチング処理が正常に行われないことがある問題を修正しました。

■ Version 4.0.10 (2006.03.31)

※ Version 4.0.10 は Windows 版のみのアップデートです。

• 2 個のベースコールが波形データの同じ位置に重複して存在する波形ファイルに対応しました。ATGC は、警告メッセージを表示して、一方のベースコールを削除してインポートします。
• コンティグを選択していない状態で [View Map] を実行すると異常終了する問題を修正しました。
• コンティグを削除したのち [Split Contig] を実行すると異常終了する問題を修正しました。
• [Open GENETYX] ボタンを、GENETYX Ver.8 ネットワーク版および GENETYX-SV/RC Ver.8 に対応しました。

■ Version 4.2.8 (2006.03.20)

※ Version 4.2.8 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 2 個のベースコールが波形データの同じ位置に重複して存在する波形ファイルに対応しました。ATGC は、警告メッセージを表示して、一方のベースコールを削除してインポートします。
• ATGC の起動時にほかのアプリケーションのウィンドウがアクティブになっていると "Couldn't read restriction enzyme file." というエラーが表示されて起動に失敗する問題を修正しました。

■ Version 4.2.7 (2006.02.28)

※ Version 4.2.7 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 波形データのインポート時にトリミングを行ったり編集操作でシーケンスの一部を削除したのち、解析処理や [Parallel]-[Invert] コマンドで相補鎖にすると、シーケンスの波形画面において波形とその下の塩基が一致しない問題を修正しました。

■ Version 4.0.9 (2006.01.17)

※ Version 4.0.9 は Windows 版のみのアップデートです。

• コンセンサス配列がコンティグ全体より短い場合に [Output Alignment] コマンドで異常終了する問題を修正しました。
• GENETYX Ver.8 がインストールされた環境で [Open GENETYX] ボタンをクリックした場合、GENETYX Ver.8 でシーケンスを開くように変更しました。

■ Version 4.2.6 (2005.12.14)

※ Version 4.2.6 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 新規作成したドキュメントを既存のファイルに上書き保存する際に、「Couldn't copy or move wave file "(ファイル名)".」というエラーメッセージが表示され、正常に保存されないことがある問題を修正しました。

■ Version 4.2.5 (2005.11.09)

※ Version 4.2.5 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• [Trash] の中のシーケンスを [NewEntry] や他のコンティグなどに移動したあと、プロジェクトファイルを保存する際に、当該シーケンスに対応する波形データファイルを削除してしまう問題を修正しました。

■ Version 4.0.8 (2005.09.07)

※ Version 4.0.8 は Windows 版のみのアップデートです。

• マップ表示を改良しました。プリファレンスの [Display] タブに [Display sequence names with ellipses] チェックボックスを追加しました。詳しくは、オンラインマニュアルの「プリファレンス」セクションの「画面の表示設定」の項目をご覧ください。
• 最近開いたファイルの一覧をユーザーアカウントごとに保存するよう変更しました。
• ATGC ネットワーク版および ATGC-SVC において、ログイン先のホスト名、ユーザー名およびポート番号の情報をユーザーアカウントごとに保存するよう変更しました。

■ Version 4.2.4 (2005.09.05)

※ Version 4.2.4 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• ABI および SCF の波形データのインポート時に ATGC が異常終了することがある問題を修正しました。
• 長く連続するギャップを含むコンティグのアセンブル時に異常終了することがある問題を修正しました。
• インストールしたユーザー以外で起動できない問題を修正しました。

■ Version 4.0.7 (2005.09.02)

※ Version 4.0.7 は Windows 版のみのアップデートです。

• ABI および SCF の波形データのインポート時に ATGC が異常終了することがある問題を修正しました。
• 長く連続するギャップを含むコンティグのアセンブル時に異常終了することがある問題を修正しました。
• ATGC のウィンドウがアクティブの場合のみ、ESC キーによるアセンブル処理のキャンセルが有効となるように修正しました。
• マップウィンドウにおいて、長い配列名がウィンドウ内に収まるよう変更しました。
• 波形ウィンドウが ATGC のアプリケーションウィンドウの外側に出現する際に強制終了することがある問題を修正しました。

■ Version 4.2.3 (2005.07.04)

※ Version 4.2.3 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• 波形ウィンドウにおいて、相補鎖としてエントリされた配列の中央付近の文字が表示されないことがある問題を修正しました。

■ Version 4.2.2 (2005.06.27)

※ Version 4.2.2 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• [File]-[Export] メニューグループのコマンドにおいて、パスに日本語などのマルチバイト文字を含むフォルダをエクスポート先に指定すると、"Couldn't export file "...". Do you continue?" というエラーメッセージが表示されエクスポートできない問題を修正しました。
• [File]-[Output Alignment] メニューグループのコマンドにおいて、パスに日本語などのマルチバイト文字を含むフォルダを指定して実行すると "Couldn't output file ..." というエラーメッセージが表示されて出力できない問題を修正しました。
• パスに日本語などのマルチバイト文字を含むフォルダにインストールした場合、[Preferences] の [Trimming] タブで [Settings...] ボタンをクリックするとエラーメッセージが表示される問題を修正しました。

■ Version 4.0.6 (2005.06.20)

※ Version 4.0.6 は Windows 版のみのアップデートです。

• Version 4.0.5 で、[Analyze]-[Matching Contigs...] コマンドが実行できない問題を修正しました。

■ Version 4.0.5 (2005.06.13)

※ Version 4.0.5 は Windows 版のみのアップデートです。

• 編集操作を繰り返すと、十分な空きメモリがあるにも関わらず "Can't allocate memory." エラーが発生して編集不能になる問題を修正しました。
• ギャップを含む範囲を選択して [Edit]-[Trim Begin] コマンドを実行し、[Edit]-[Restore Begin] コマンドで復元すると、間違った復元の仕方をする問題を修正しました。

■ Version 4.0.4 (2005.05.17)

※ Version 4.0.4 は Windows 版のみのアップデートです。

• 一部の環境で正常に起動しない問題を修正しました。

■ Version 4.2.1 (2005.02.25)

※ Version 4.2.1 は Macintosh 版のみのアップデートです。

• ファイルやフォルダの名前に日本語などの 2 バイト文字が含まれていると、ファイルが読み込めない不具合を修正しました。
• シーケンスの結合が正しく行われていなかった不具合を修正しました。
• Assemble Sequences コマンドの仕様を変更しました。
• プリファレンスの設定において、ベクターファイルが読み込めない不具合を修正しました。
• シーケンス名が重ならないように、同じ名前のシーケンスを読み込むとドキュメント内のシーケンス名を自動的に変更するようにしました。
• マルチファイルを読み込めるようにしました。
• Help コマンドで、マニュアルをブラウザ上で見られるようにしました。

■ Version 4.2 (2005.02.01)

• Macintosh 版初期出荷。

■ Version 4.0.3 (2004.08.25)

• 特定の操作を行うと波形の編集時に強制終了したり、プロジェクトの保存時にエラーが出る不具合を修正しました。
• 特定の条件下で正しくトリミングできていなかった不具合を修正しました。
• シーケンスのエキスポート時に GENETYX Ver.7 を起動できなかった不具合を修正しました。

■ Version 4.0.2 (2003.09.25)

• 解析時のギャップの入り方のアルゴリズムを修正しました。
• コンティグの結合マップ全体を印刷する機能を追加しました。File メニューから Print Whole Map コマンドを選択するとマップ全体を印刷します。
• 編集エリアの編集マークの不具合を修正しました。
• メインウィンドウ・マップウィンドウの表示に関する仕様を若干変更しました。
• 編集エリアのキーの割り当てを追加しました。

  PageUp キー (Shift + 左カーソル)

  カーソルが半画面分左へ移動します。

  PageDown キー (Shift + 右カーソル)

  カーソルが半画面分右へ移動します。

  Home キー (Ctrl+A)

  カーソルが配列の先端へ移動します。

  End キー (Ctrl+E)

  カーソルが配列の終端へ移動します。

■ Version 4.0.1 (2003.04.25)

• バッチ処理機能を追加しました。
  ATGC をコマンドプロンプトから実行して解析のバッチ処理ができるようになりました。 解析が終了すると指定したフォルダ内に batch.pjt という名前でプロジェクトに保存します。
  さらに同じフォルダ内にコンティグ内のシーケンスのリスト、アライメント結果の出力を行い、シーケンス配列・コンセンサス配列を export フォルダにエキスポートします。
  コマンドプロンプトから指定できるパラメータは以下の通りです。

  /i importfolders

  指定したフォルダ内のすべてのシーケンスを読み込みます (複数指定可能)

  /o outputfolder

  指定したフォルダ内に解析結果を出力します (省略すると batchfolder になります)

  (実行例) atgc /i samples /o batchfolder

■ Version 4.0 (2003.04.15)

• Windows 版初期出荷。