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アップデート履歴

■ Ver.14.0.13 (2010.03.24)

• 制限酵素のフラグメントリスト表示で非パリンドロームの認識部位を持つ制限酵素の相補鎖側の切断点が間違っている問題を修正しました。Recombinant DNA Fragment の方は問題ありません。

14.0.13 以前の更新内容

• 認識配列の 3' 末端の一つ前に切断点がある制限酵素が配列の 3' 末端で認識されない問題を修正。
• AcuI の制限酵素ファイルの記述間違い (非パリンドロームを示す '+' が抜けていました)。AcuI は ResFile と DaiichiSeiyaku(NEB)07 に入っています。
• 配列エディタでフォントサイズを 18 以上にすると文字の位置とキャレットがずれる問題を修正。
• Translate to AA (legacy) でテキストで出力した時に書き込まれる翻訳コード名が、設定パネルで選択した翻訳コード名と一つずれた名前になっている問題を修正しました(Standard code以外)。翻訳自体は設定パネルで選択した翻訳コードで正しく翻訳されています。
• 一部の環境で PlasDraw が起動しない問題に対応。
• clustalw2 2.0.5 での仕様変更に伴う対応。clustalw2 2.0.1～2.0.4 は動作しなくなりますので、2.0.5 以上を使用して下さい。
• 制限酵素地図 (TEXT) 表示のアミノ酸翻訳を範囲指定で翻訳するように仕様を変更しました。使い方は同梱のマニュアル追補をご覧下さい。
• clustalw で clustalw2 2.0.1 以上を指定するとエラーが発生して実行出来ない問題に対応しました (注: Ver.14 では clustalw2 で追加されたパラメータの変更は出来ません。デフォルト値で実行します)。注意事項がありますので、同梱のマニュアル追補をご覧下さい。
• マキシマムマッチングで改行付きの flat-file を比較配列に指定すると、改行も読み込んでアライメントが乱れる問題に対応しました。
• テキストベースの配列ファイルを Mac OS X 10.5 の QuickLook で表示出来るように対応しました。一度 14.0.7 を起動すると、"seq", "nuc", "pep", "ptn", "gb", "embl", "fasta" の拡張子を持つ配列ファイルに対して QuickLook で内容を表示出来るようになります。
• MacOS X 10.5 上でフォントの変更が出来ない問題に対応しました。
• clastalw の環境設定で "All gaps are removed before a multiple alignement" がチェックされていると、NJ (clastalw) の実行時に gap が抜けて alignment が解除された状態で解析する問題を修正しました。
• 配列エディタのコンテクストメニューから 3-frame 及び 6-frame の翻訳配列出力を追加しました。
• Recombinant DNA Fragment を新規に作り直しました。古いバージョンに残っていた問題も修正されています。
• UniProt フォーマットに対応しました。
• clustalw 関連のバグフィックス。
• PlasDraw での制限酵素の切断部位数指定、制限酵素ファイル選択のリバウンド機能追加。
• 配列エディタで GenBank や EMBL などのフォーマットで配列を新規作成する時にコメント部が空白のまま何も表示されない場合がある問題を修正しました。
• 並列エディタからアライメントをテキスト出力する時に左側のポジションが一つずれて出力される問題を修正しました。
• GENETYX-Tree のスクロールホイールでのスクロール速度を改善しました。
• その他の修正

■ ATSQ 5.0.3 (2010.02.26)

• 長さが 10,000 bp 以上の配列ファイルをインポートすると、塩基配列の末尾に余分な塩基が追加されることがある問題を修正しました。

5.0.3 以前の更新内容

• 配列のエクスポート時にコンセンサス配列が相補鎖としてエクスポートされることがある問題を修正しました。
• 配列のエクスポート処理に、同名のファイルが既に存在する場合の処理方法を選択する機能を追加しました。
• Preferences の [File] タブで [Enable trimming] のチェックを外してもトリミングが実行されてしまう問題を修正しました。
• シーケンスのコンティグへのマッチング処理時に、コンティグに追加されなかった配列が誤って処理され、異常終了することがある問題を修正しました。
• [Find] ダイアログの [Replace All] ボタンの処理において、コンセンサス配列の置換範囲がフラグメント配列の先頭または末尾をまたぐと、アプリケーションが応答しなくなる問題を修正しました。
• ドキュメントファイルを保存する際、ファイル選択パネルの既定のフォルダが正しくないことがある問題を修正しました。
• シーケンスをインポートする際、ファイル・フォルダ選択パネルの既定のフォルダが以前選択したものと異なることがある問題を修正しました。
• システム環境設定の [言語環境] の設定により、アセンブル処理が正しく行われないことがある問題を修正しました。
• Preferences ウィンドウが表示されなくなることがある問題を修正しました。

■ Ver.14.0 (2007.01.16)

• 初期出荷